传统的荧光显微镜使用荧光材料来标记细胞中的特定结构，不仅增加了图像和背景之间的对比度，而且还大大提高了分辨率，因为许多荧光显微镜光源使用短波长的紫外光。
普通光学显微镜下对焦平面的变化呈现出不同的模式。如果荧光标志物的结构分布在不同层次上并重叠在一起，反射荧光显微镜不仅能收集焦点平面的光量，而且从聚焦平面上方或下方接收散射荧光，荧光显微镜的光学分辨率将大大降低。
激光共聚焦显微镜是20世纪80年代中期发展并得到广泛应用的一项新技术。激光共聚焦使用显微镜有激发产生针孔和探测针孔，激发针孔和探测针孔共轭（共焦），共焦点即被探测点，被探测点所在的平面为共焦平面。激光共聚焦显微镜的针孔作为一般指探测针孔，探测针孔的直径以及一般可以自动模式设置成和艾里斑直径基本一致。
激光共聚焦显微镜的优点：
1、以激光为光源，用相应的荧光探针标记后，对样品进行逐点扫描，得到具有“细胞CT”功能的二维光学断面图像。
2、活细胞和组织可以观察到无损伤、动态测量细胞中的caion浓度和pH值等活细胞生理信息：
3、它可用于细胞膜的流动性、细胞间通讯、细胞融合、细胞骨架弹性测量等。它可以作为“光刀”进行细胞内的“手术”。
4、可以对样品进行扫描成像，观察分析细胞的三维空间结构而不损伤。
