为学术讨论、展览和科学出版物提供的显微照片中，有80％ 至90％ 被错误更正，而且其标本的照明质量很差，这种情况并不罕见。主要原因是光源调节不好，使标本得不到足够的光照。熟练和认真的操作员不仅能熟练地纠正，而且能够练习标本上的差异和金相显微镜的差异。
金相显微镜透镜的缺点是：镜头雾化，霉变，损坏，脱胶，表面涂层损坏或丢失。
1.雾是指透镜表面有一层水雾型、油裂型、水基型和油水混合型三种类型。或者因为气体温度的急剧变化，它形成于镜片表面，凝结成微小的液滴。雾场是镜头发霉或起动的现象，它变得模糊不清，分辨率降低。它们的形成与光学玻璃制造、化学稳定性、环境条件的使用和维护等诸多因素有关。使用后立即将镜头放置在烘干机中并密封光学系统。
2.为了改善光学零件表面的化学性质，涂覆了不同性质的薄膜。平时保养擦拭镜片时，如果布不干净，很容易划伤涂层。
3.光路脏或长霉：可导致金相显微镜观察效果明显下降，具体分析研究可通过拔下向镜筒里的目镜来观察，如光路有长霉或大块的污物，可被清晰的观察到，同时也可以选择通过转动各个光学部件来准确判断污物和霉斑的位置，如光路只是由于工作时间的关系积尘太多，也可以看到光路不够透亮。
