扫描电镜是一种多功能的仪器、具有很多优越的性能、是用途为广泛的一种科学仪器，由于其大的景深，获得的扫描电子图像具有三维形状，并且可以提供比其他显微镜更多的信息。这个特性对用户来说非常有价值。保持表面洁净的条件下加压成型而得到的固体材料，纳米材料有着非常广阔的发展前景，将成为未来材料研究的重点方向，扫描电镜的一个重要特点之一就是具有一定很高的分辨率，现已广泛用于临床观察纳米材料。
样品的处理过程：
1、主要包括表面清洗、固定、冲洗和脱水处理，基本类似于透射电镜样品的处理，但有其特殊性。
2、样品尺寸略大于TEM样品，8 ~ 10mm2，高约5mm。
3、常见的固定和脱水方法有戊二醛-四氧化二砷双重固定或戊二醛单一固定。
4、组织电导技术: 该技术的目的是提高样品的电导率，克服生物材料的电荷效应，提高样品表面的二次电子发射率。
干燥好的样品若暂时不用，可放在干燥器或真空中保存，样品粘台后最好放入透射电镜底片抽气室预抽气数小时再放入扫描电镜观察。加速电压不宜用得过高，满足要求即可，能用低电压就不用高电压。放大倍数不超过一万倍时一般15-20 Kv 就可以了。同时，应保持工作电压与工作水平距离的相对稳定，如无特殊需要，不要经常更换电压与工作人员距离。因为频繁更改扫描电镜工作环境参数不利于扫描电镜稳定工作。
